Mikrovlny mají určité nevýhody. Například nemusí být tak účinné jako jiné metody vaření při zabíjení bakterií a jiných patogenů, které mohou vést k otravě jídlem. Je to proto, že teplo má tendenci být nižší a doba vaření mnohem kratší. Někdy se jídlo nerovnoměrně ohřívá.