Předpokládá se, že nesnášenlivost potravin může být způsobena špatnou kvalitou bakterií ve střevě. To může vést k obtížím s trávením spouštěcích potravin a nepříjemným příznakům, jako je nadýmání, plyn, průjem, bolesti břicha a nevolnost. Existují určité důkazy, že potravinové alergie mohou také souviset se zdravím střev.